答慈航問（九則）
問一：一、眾生，二、業，三、識——阿賴耶，此三者何者在先？佛法云：識因業而有；眾生先有，其理不成！若業先有，業是誰造？佛法則謂業因眾生造，是業先有，理亦不成！若謂識先有，識從何來？是識先有，理亦不成！同時而有，理亦不通！
問二：一切諸佛是否因學「佛法」而成？若不因學佛法而成，豈非天生彌勒，自然釋迦？亦與事實相違。蓋諸佛皆從「聞思修」而成，是以吾人亦須學佛法。若是學佛法而成，則最初一佛是聞何人說法，而後思惟、修行、證果耶？若云：最初佛不必聞法而自悟，則以後一切眾生，亦不必聞法而可自悟也！
問三：吾人學佛，本為成佛，應度眾生，不計時劫，此為定論。曩年在仰，曾與法尊法師談論，成佛度生，吾人本願。無如「羅漢有出胎之迷，菩薩有隔陰之昏」，願大力薄；況「三途一報五千劫，再出頭來等幾時」？我曾向他說：最低限度先證初果，庶免墮三途也。所以不願證四果者，蓋全斷貪瞋癡已即不能再來受生度生。所以只要不墮三途，可以永遠發菩薩心，行菩薩行，此弟子之見也。
問四：因明作法，加簡別語，若如是者，則一切宗皆可立，決無正理可言也！譬如耶教徒立宗云：
宗 萬物是上帝所造
因 自許有萬能故
喻 如有神通之聖者
又破佛教立宗云：
宗 汝執佛性是無
因 不可見故
喻 如龜毛、兔角
果如此則一切法皆可立，一切人皆可破，則何能立正量別邪正耶？
問五：佛法中常云「無始」，無始二字，我看不能作時間長遠而言。若作長遠言，以不知為無始，則是有始之無始，不過吾人不知耳。在我意會，譬如昨夜眠夢，見一老婦、幼童，我問其何人？答曰：「母、子」。今試問旁人言：「母親在先？兒子在先」？答曰「母親在先」。余斥之曰：「咄！夢也！母子尚不可得，何先後之有」！宇宙萬有皆是夢幻，故云無始，是否？
問六：成唯識論中說種子，有謂本有，有謂新熏，護法菩薩調和二家，謂本有、新熏皆有，各據聖言量證明之。吾意謂不然，說到種子是緣生法，既是緣生，不可云本有，皆是熏習所成，不過久熏、新熏不同而已。不如是，則種子非從緣生，是本來固有，落常見。善種子本來固有，惡種子亦本來固有，進之則無記種子亦本來固有，試問此固有之種子是上帝創造的嗎？是無因而有的嗎？是自然的嗎？善惡種子既不從熏習而生，落常見，是外道法，非佛法。故吾不取本有說，種子決定是熏習所成，不過久熏與新熏，在時間上遠近而已。
問七：前五識既依五根而起，云何意識不依肉團心為根而以第七末那識為根；此理不明。蓋損眼根不能生眼識，損耳根不能生耳識，則將腹內之肉團心取去不能生意識，可見以肉團心為意根，其理必明。肉團心與前五根皆色根而生六識，義類正齊！